跨地经营的总分机构应怎样计算缴纳企业所得税

网友发问：
跨区域运营的总分支组织，总组织在深圳，有多家分支组织在外地，总组织与各分支组织的企业所得税税率都是不一样，请问总组织在做年度企业所得税申报时怎么核算总组织应交税额?
律师回答：
依据《关于跨区域运营汇总交税企业所得税征收办理若干问题的告诉》(国税函[2009]221号)的规则，预缴时，总组织和分支组织处于不同税率区域的，先由总组织一致核算悉数应交税所得额，然后依照国税发[2008]28号文件第十九条规则的份额和第二十三条规则的三要素及其权重，核算区分不同税率区域组织的应交税所得额，再别离按各自的适用税率核算应交税额后加总核算出企业的应纳所得税总额。再依照国税发[2008]28号文件第十九条规则的份额和第二十三条规则的三要素及其权重，向总组织和分支组织分摊就地预缴的企业所得税款。
汇缴时，企业年度应纳所得税额应按上述办法并选用各分支组织汇算清缴所属年度的三要素核算确认。
除《国务院关于施行企业所得税过渡优惠政策的告诉》(国发[2007]39号)、《财政部 国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的告诉》(财税[2008]1号)和《财政部 国家税务总局关于贯彻落实国务院关于施行企业所得税过渡优惠政策有关问题的告诉》(财税[2008]21号)有关规则外，跨区域运营汇总交税企业不得依照上述总分支组织处于不同税率区域的核算办法核算并交纳企业所得税，应依照企业适用一致的税率核算并交纳企业所得税。
所以，总分组织适用不同税率时，请按文件规则履行。