当事人主张主动适用诉讼时效法院能许可吗

一、据以研讨的审判事例
原告(被上诉人)：达利装修有限公司(下称装修公司)。
被告(上诉人)：李军，保理公司司理。
案由：买卖合同欠款胶葛
「案情」
李军原系东达经贸公司的司机，1999年，东达经贸公司装修，分期分批从装修公司购入装修资料，装修结束后一次结清货款，李军担任运送。至1999年10月，东达经贸公司共从装修公司购买建材9次，1999年12月，装修公司派管帐到东达经贸公司结帐，经核帐，东达经贸公司认可其间8笔建材款并付帐，对其间一笔，即1999年9月3日购买的价值4590元的建材，东达经贸公司称从未收到这批建材，回绝付出。装修公司遂于1999年12月9日向李军求偿，李军则称该批建材已交给东达经贸公司用于装修，运送建材系职务行为，与自己无关，回绝付出建材款。2000年2月，李军脱离东达经贸公司，自己出资组建了保理公司并担任司理。2003年，东达经贸公司因未参与年检被撤消营业执照，装修公司知道这一状况后，于2003年2月向法院申述，恳求法院判令被告李军付出拖欠的货款4590元及银行利息。被告李军答辩称，该笔建材已交给东达经贸公司用于装修，与自己无关，不同意原告的诉讼恳求，但李军未能举证证明这一现实。
「审判」
受诉法院经审理以为，1999年9月3日，李军从装修公司提走价值4590元的建材，货款至今未付，经装修公司与东达经贸公司对帐，东达经贸公司未收到这批建材，该建材已被李军私自提走，李军不能举证证明该批建材已交给东达经贸公司，其应当偿付欠款。据此受诉法院判定被告李军在判定收效后10日内付出装修公司欠款4590元。
一审判定后，李军不服，以“该笔欠款发生在1999年，原告已在1999年12月知道欠款事由，尔后在长达3年的时间内从未向自己建议过权力、其恳求已超越诉讼时效”为由，提起上诉，恳求二审法院改判。
二审法院经审理确定，被上诉人装修公司的诉讼恳求已超越诉讼时效，一审法院在案子审理中未检查被上诉人的诉讼恳求是否超越诉讼时效，判令上诉人偿付欠款于法无据。据此，二审法院判定驳回被上诉人的诉讼恳求。
二、问题的提出
本案一、二审判定成果天壤之别，一审中，当事人两边均未提及所涉债权债务已超越诉讼时效问题，一审法院也未自动检查诉争债权债务的诉讼时效，据此判定被告偿付欠款;判定后，原审被告以原告诉讼恳求已超越诉讼时效为上诉理由提起上诉，二审法院在确定原告的诉讼恳求已超越诉讼时效的基础上判定驳回原审原告的诉讼恳求。由此引发的法令问题是：
1、法院能否不待当事人建议而自动适用诉讼时效? 
2、当事人能否在法院审理的任何程序中提出诉讼时效问题并取得时效利益?
3、法院对超越诉讼时效的案子，是判定驳回诉讼恳求，仍是裁决驳回申述?
以上诸问题是近年来审判实践中反映比较突出的问题，理论界和实务界对此问题的了解也殊不一致，对此类问题的讨论，有助于咱们对诉讼时效准则的了解。