税率为11%和6%的增值税专用发票应怎样处理

11%、6%两档税率是营业税改征增值税的“新生儿”
营业税改征增值税试点方针中的一项重要内容就是在现行增值税17%和13%两档税率的基础上，增设11%、6%两档低税率。《财政部、国家税务总局关于在上海市展开交通运送业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的告诉》(财税〔2011〕111号)规则，交通运送业(陆路运送服务、水路运送服务、航空运送服务、管道运送服务)适用11%的税率;研制和技术服务、信息技术服务、文明构思服务、物流辅佐服务、鉴证咨询服务等现代服务业适用6%的税率。
两种运送业发票核算进项抵扣办法不一样
现在上海市运送业有两种发票，一种是《公路、内河货品运送业一致发票》，主要是实施简易征收的货运试点交税人运用，此类发票到2012年3月底完毕运用，从4月1日开端，一致运用《上海市国税通用机打发票》，一般交税人收到此类发票的，按原抵扣办法坚持不变。另一种是《货品运送业增值税专用发票》，依据财税〔2011〕111号文件规则，供给交通运送业服务，运送费税率为11%。企业获得上海市一般交税人开具的《货品运送业增值税专用发票》，按获得的增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额，准予从销项税额中抵扣。
值得交税人留意的事项
一是货品运送抵扣凭据的改变，从2012年1月1日(含)今后，全国的增值税一般交税从试点区域获得可抵扣的运送费用凭据，应是《货品运送业增值税专用发票》(铁路运送费用结算单据在外)，其他运送费用结算单据一概不得作为增值税扣税凭据。二是一般交税人获得的增值税专用发票，不管是否归于可抵扣规模，都必须先认证，否则会游离于整个增值税抵扣链条之外，形成停留发票。三是受票方要留意辨别真假发票，《国家税务总局关于启用货品运送业增值税专用发票的布告》(国家税务总局布告2011年74号)第三项第五款清晰界定了发票代码和发票号码的编制准则，依据此准则，增值税一般交税人2012年1月1日(含)今后从试点区域获得的《货品运送业增值税专用发票》的代码是3100111730，发票号码的前两位或四位应是11或2011。