个人出租土地是否需要缴纳土地使用税

问：甲某为乙公司的法人代表，2007年11月22日，甲乙双方签定租借合同，约好：1、甲将市区1万平方米的土地(土地用处：工业;房地产产权为甲某私有。)及地上厂房租借给乙运用;2、租借时刻：2008年1月1日――2011年12月31日;3、租金：35万元/年，付款方法：年付。4、租借期间的土地运用税和水、电费均由乙方交纳。
2008年，乙公司向甲某支付了租金35万元，向地税局申报土地运用税50000元并在管理费用中列支，检查人员发现后调增了乙公司2008年度的应交税所得额50000元，并进行了相应的处分。
在处理过程中，存在以下争辩：
1、没有文件清晰个人租借土地要交纳土地运用税，甲某租借土地给乙公司是否要交纳土地运用税?
2、甲某以为乙公司也是自己的，交了本不需交的税，还要在所得税上补税罚款，真冤?他的知道对吗?
答：依据《国家税务局关于检发的告诉》国税地字[1988]第015号文件的规则：
第四条 关于交税人的确认。土地运用税由具有土地运用权的单位或个人交纳，具有土地运用权的交税人不在土地所在地的，由代管人或实际运用人交税;土地运用权未确认或权属胶葛未处理的，由实际运用人交税;土地运用权共有的，由共有各方别离交税。
甲某租借土地应按规则由其交纳土地运用税。乙企业代甲某交纳的土地运用税，土地运用税归于与生产经营或者说与获得收入的开销，那么依照《中华人民共和国企业所得税法》及其施行法令的规则，是不能在税前扣除。