在工厂做临时工受伤住院两天，做了微型小手术，要12天才能拆线，医生说全休三周工厂只赔付三天工资误工费合理吗，

这个是不合理的，休息期间的应该全额支付

这种情况不合理。若临时工与工厂存在劳动关系且属于工伤，根据《工伤保险条例》，停工留薪期内原工资福利待遇不变，误工时间应根据医疗机构证明确定，工厂应按全休三周赔付误工费。若为劳务关系，工厂也应根据过错承担赔偿责任，按实际误工时间赔偿误工费。

工厂只赔付三天工资误工费不合理。临时工在工作中受伤，应按实际误工时间赔偿。你住院两天，12天拆线且需全休三周，误工时间远不止三天。你可先与工厂协商，要求按实际误工天数赔偿。若协商不成，收集好劳动合同、病历、诊断证明等证据，去申请劳动仲裁，维护自身合法权益。